2004年1月，上海合作组织常设机构—设在北京的上海合作组织秘书处及设在塔什干的地区反恐怖机构启动；同年6月17日，上海合作组织峰会在乌兹别克首都塔什干举行。
各国亦签署《上海合作组织成员国元首塔什干宣言》。同日，设在塔什干的“上海合作组织地区反恐机构”正式启动；蒙古国获接纳为观察员。
2005年7月4日，在哈萨克斯坦首都阿斯塔纳举行的首脑会议上，六国元首签署了《上海合作组织成员国元首宣言》；呼吁美国等制定撤离驻中亚军事基地的期限；伊朗、巴基斯坦和印度获接纳为观察员。
2006年6月15日，上海合作组织成员国理事会会议在中国上海举办，主要议题是关于加强当代信息安全，通过合作加大各国保障信息安全的力度。
2007年8月16日，上海合作组织元首理事会会议在吉尔吉斯斯坦首都比什凯克举行。
2008年3月24日，伊朗正式申请加入上海合作组织；同年8月28日，上海合作组织成员国元首理事会第八次会议在塔吉克斯坦首都杜尚别举行，成员国元首共同签署了《上海合作组织成员国元首杜尚别宣言》等重要文件，会议发表了《上海合作组织成员国元首理事会会议联合公报》。
2009年6月15日至16日，上海合作组织元首理事会第九次峰会在俄罗斯叶卡捷琳堡举行；成员国元首签署了《叶卡捷琳堡宣言》和《反恐怖主义公约》等重要文件。会议给予斯里兰卡和白俄罗斯对话伙伴地位。
2010年6月11日，上海合作组织元首理事会第十次峰会在乌兹别克斯坦首都塔什干举行。会议发表了《上海合作组织成员国元首理事会第十次会议宣言》，批准了《上海合作组织接收新成员条例》和《上海合作组织程序规则》。
2011年6月15日，第十一次峰会在哈萨克斯坦首都阿斯塔纳举行；成员国元首签署了《上海合作组织十周年阿斯塔纳宣言》。
2012年6月7日，上海合作组织成员国元首一致同意接收阿富汗为上合组织观察员国、土耳其为上合组织对话伙伴国。
2013年9月13日，上海合作组织成员国元首理事会第十三次会议在吉尔吉斯斯坦首都比什凯克举行；成员国元首签署了《上海合作组织成员国元首比什凯克宣言》；会议批准《长期睦邻友好合作条约实施纲要》。
2014年8月1日，上海合作组织通过了关于接纳观察国程序的文件草案；同年9月12日，上海合作组织成员国一致通过《给予上海合作组织成员国地位程序》《关于申请国加入上海合作组织义务的备忘录范本》修订案。
2015年7月10日，上海合作组织成员国元首理事会第十五次会议在俄罗斯乌法举行，乌法峰会通过关于启动接收印度和巴基斯坦加入上合组织程序的决议，这也是上合组织继2001年后首次扩容。此外，本次峰会也决定给予白俄罗斯观察员国地位，给予阿塞拜疆、亚美尼亚、柬埔寨和尼泊尔对话伙伴国地位。
2016年3月22日，阿利莫夫与尼泊尔外事国务部长拜拉吉签署了《关于给予尼泊尔上海合作组织对话伙伴国地位的备忘录》；2016年6月23至24日，上海合作组织元首理事会第十六次会议在乌兹别克斯坦首都塔什干举行。
2017年6月9日，印度和巴基斯坦正式成为上海合作组织成员；同年11月30日，上海合作组织成员国政府首脑理事会第十六次会议在俄罗斯索契开幕。
2018年6月9日至10日，上海合作组织青岛峰会在山东省青岛市举办；会上签署了《上海合作组织成员国元首理事会青岛宣言》。
2019年6月14日，上海合作组织成员国元首理事会第十九次会议在吉尔吉斯斯坦首都比什凯克举行。
2021年6月15日，上海合作组织迎来成立20周年华诞，截止当前，上合组织的经济总量接近20万亿美元，比成立之初增加了13倍多，对外贸易总额达到6.6万亿美元，比20年前增加了100倍。
2021年9月17日，上海合作组织成员国元首理事会第二十一次会议在塔吉克斯坦首都杜尚别举行。通过关于启动接收伊朗成为正式成员国的程序，并吸收沙特阿拉伯、埃及、卡塔尔为对话伙伴国。
2022年6月14日，据俄新社报道，俄罗斯总统上合组织事务特别代表哈基莫夫称，白俄罗斯准备申请加入上合组织，相关提案已获得白俄罗斯部长会议的批准。
2022年7月12日，据俄罗斯卫星通讯社消息，乌兹别克斯坦代理外交部长弗拉基米尔·诺罗夫表示，伊朗2022年将被接纳为上海合作组织（SCO）成员，在撒马尔罕峰会上将签署伊朗作为上合组织成员国的义务的备忘录。
2022年7月15日，上海合作组织秘书长张明在新闻发布会上表示，已收到白俄罗斯成为上合组织正式成员的正式申请。
2022年9月，上合组织峰会在乌兹别克斯坦城市撒马尔罕举行。
1 组织机构
2 组织宗旨
《上海合作组织成立宣言》《上海合作组织宪章》，规定了上海合作组织的宗旨和原则：
1、加强成员国的相互信任与睦邻友好；
2、维护和加强地区和平、安全与稳定，共同打击恐怖主义、分裂主义和极端主义、毒品走私、非法贩运武器和其它跨国犯罪；
3、开展经贸、环保、文化、科技、教育、能源、交通、金融等领域的合作，促进地区经济、社会、文化的全面均衡发展，不断提高成员国人民的生活水平；
4、推动建立民主、公正、合理的国际政治经济新秩序；
5、上海合作组织遵循的主要原则是：恪守《联合国宪章》的宗旨和原则；
6、相互尊重独立、主权和领土完整，互不干涉内政，互不使用或威胁使用武力；
7、所有成员国一律平等；
8、平等互利，通过相互协商解决所有问题；
9、奉行不结盟、不针对其他国家和组织及对外开放原则。
3 机构设置
综述
上海合作组织已建立国家元首、总理、总检察长、安全会议秘书、外交部长、国防部长、经贸部长、文化部长、交通部长、紧急救灾部门领导人、国家协调员等会议机制。
每个会议机制的运作，均有相应的文件予以规范。上海合作组织的协调工作由成员国国家协调员理事会负责。
上海合作组织元首理事会
上海合作组织国家元首理事会是最高领导机构。
负责研究、确定上海合作组织合作与活动的战略、优先领域和基本方向，通过重要文件。元首例行会议每年举行一次，通常由成员国按国名俄文字母顺序轮流举办，就组织内所有重大问题作出决定和指示，会议举办国担任组织轮值主席国。
上海合作组织政府首脑理事会
上海合作组织政府首脑理事会每年举行一次例会，重点研究组织框架内多边合作的战略与优先方向，解决经济合作等领域的原则和迫切问题，并批准组织年度预算。
上海合作组织外交部长理事会
上海合作组织外交部长会议讨论组织当前活动问题，筹备国家元首会议和在组织框架内就国际问题进行磋商。必要时，外交部长会议可以本组织名义发表声明。
外交部长会议例按惯例在每次国家元首会议前一个月举行。召开外交部长非例行会议需有至少两个成员国提出建议，并经其他所有成员国外交部长同意。
例会和非例会地点通过相互协商确定。国家元首会议例会主办国外交部长担任外交部长会议主席，任期自上次国家元首会议例会结束日起，至下次国家元首会议例会开始日止。
根据会议工作条例，外交部长会议主席对外代表组织。
上海合作组织有两个常设机构，分别是：上海合作组织秘书处和上海合作组织地区反恐怖机构，常设机构秘书长和反恐怖机构执委会主任均由元首理事会任命。
上海合作组织秘书处是组织的常设行政机构，为组织框架内的活动提供行政、技术和信息保障。主要职能包括：协助举行组织的各种会议；参与制定组织的文件草案；协助落实组织通过的各项决议和文件；保管组织的文件、资料；收集、整理和传播组织活动的信息；编制和执行组织常设机构的预算；代表组织同其他国际组织和国家开展交往。
秘书处编制30人。秘书长由成员国按国名俄文字母顺序轮流担任，任期3年。
上海合作组织地区反恐怖机构设在乌兹别克斯坦首都塔什干，是上海合作组织成员国在打击“三股势力”等领域开展安全合作的常设机构。
地区反恐怖机构下设理事会和执行委员会。理事会是地区反恐怖机构的协商决策机关，由成员国反恐主管部门负责人或代表组成。执行委员会是常设执行机关，编制30人。最高行政官员为执委会主任，任期3年。
4 成员国
观察员国：伊朗（已启动成为正式成员国程序）、阿富汗、白俄罗斯、蒙古国
对话伙伴国：阿塞拜疆、亚美尼亚、柬埔寨、尼泊尔、土耳其、斯里兰卡、沙特阿拉伯、埃及、卡塔尔
5 秘书长
上海合作组织秘书长由上合组织国家元首理事会会议根据上合组织外交部长理事会会议的推荐任命。秘书长由各成员国公民按其国名俄文字母排序轮流担任，任期3年，不得连任。
6 现任秘书长
张明：2022年1月1日出任上合组织秘书长，任期三年。
7 现任副秘书长
上合组织副秘书长洛格维诺夫。
8 历任秘书长
1、张德广（Zhang Deguang）2004年1月15日—2007年1月1日 中国籍
2、博拉特·努尔加利耶夫（Bolat Kabdylkhamituly Nurgaliyev）2007年1月1日—2010年1月1日 哈萨克斯坦籍
3、穆拉特别克·伊马纳利耶夫（Muratbek Sansyzbayevich Imanaliyev）2010年1月1日—2013年1月1日 吉尔吉斯斯坦籍
4、德米特里·费奥多罗维奇·梅津采夫（Dmitry Fyodorovich Mezentsev）2013年1月1日—2016年1月1日 俄罗斯籍
5、阿利莫夫·拉希德·古特比金诺维奇（Alimov Rashid Qutbiddinovich）2016年1月1日—2019年1月1日 塔吉克斯坦籍
6、诺罗夫·弗拉基米尔·伊马莫维奇（Norov Vladimir Imamovich）2019年1月1日—2022年1月1日 乌兹别克斯坦籍
7、张明 2022年1月1日— 今 中国籍
9 活动合作
上海合作组织会员国合作涵盖贸易投资、海关、金融、税收、交通、能源、农业、科技、电信、环保、卫生、教育等领域。
上海合作组织解决边界问题，巩固成员国政治互信和睦邻友好；在成员国关切的问题上以上海合作组织名义表示支持，成员国多次阐述对阿富汗、巴以冲突、伊拉克、朝核问题等问题的共同立场，在联合国安理会改革问题上，阿斯塔纳峰会宣言强调改革应遵循最广泛协商一致的原则，不应为改革设立时限和强行表决尚有重大分歧的方案。
安全合作是上海合作组织的重点合作领域，核心是打击恐怖主义、分裂主义和极端主义“三股势力”。2001年6月15日，上海合作组织成立当天，成员国即签署《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》，在国际上首次对恐怖主义、分裂主义和极端主义“三股势力”作了明确定义，并提出成员国合作打击的具体方向、方式及原则。上海合作组织由此成为最早打出反恐旗帜的国际组织之一。
截至2014年，上海合作组织大学项目院校由来自上海合作组织5个成员国的74所院校组成，其中哈萨克斯坦14所、中国20所、吉尔吉斯斯坦9所、俄罗斯21所、塔吉克斯坦10所，涵盖7个专业方向（区域学、生态学、能源学、IT技术、纳米技术、经济学和教育学）。
2022年1月18日，中国-上海合作组织经贸学院举行理事会成立大会暨学院挂牌仪式，青岛市委常委、胶州市委书记、上合示范区党工委书记、管委会主任刘建军与青岛大学党委书记胡金焱共同为学院挂牌。
2014年5月20日，中国—上海合作组织国际司法交流合作培训基地在上海政法学院奠基揭牌。
● 农业
2019年6月14日，在上海合作组织成员国元首理事会第十九次会议上，习近平提出”中方愿在陕西省设立上海合作组织农业技术交流培训示范基地，加强同地区国家现代农业领域合作“的倡议。
2020年10月22日，上海合作组织农业技术交流培训示范基地在陕西省杨凌示范区揭牌。
10 条约条例
《反极端主义公约》《上海合作组织成员国政府间科技协定》《上海合作组织成员国政府间国际道路运输便利化协定》《上海合作组织成员国政府间农业合作协定》《上海合作组织成员国保障国际信息安全政府间合作协定》《上海合作组织多边经贸合作纲要》《上海合作组织成员国长期睦邻友好合作条约》等。
《上海合作组织接收新成员条例》《上海合作组织对话伙伴条例》《上海合作组织程序规则》《上海合作组织反恐怖主义公约》、《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义2010年至2012年合作纲要》等。
11 管理集体
12 标志
上海合作组织会徽呈圆形，主体是中国、俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦和乌兹别克斯坦六个成员国的版图、左右环抱的橄榄枝和两条飘带，象征成员国为地区和世界和平与发展所起的积极推动作用，并寓意上海合作组织广阔的合作领域和巨大的发展前景。会徽上部和下部分别用中文、俄文标注“上海合作组织”字样。会徽选用绿色和蓝色，象征该组织和平、友谊、进步、发展的宗旨。
上海合作组织的宗旨和原则，集中体现于上海精神上，即“互信、互利、平等、协商、尊重多样文明、谋求共同发展”。上海精神已写入《上海合作组织成立宣言》。
上海合作组织工作语言为汉语和俄语。